一些古生物学者最近提出个问题，那就是鸟类的兽脚类起源难支持鸟类是恐龙的祖先这种说法，但这些困难更多的是虚幻而非实质性的。一个提出的困难是化石记录中第一只已知鸟类（侏罗纪晚期）和可能是鸟类姊妹群（白垩纪早期）的恐龙模型之间的差距。这忽略了另一个明显的事实，即从晚侏罗世的地层中可以知道其他的曼尼拉普托人的共同进化龙，如鸟类、共同进化龙和复合进化龙。如果有其他的摩尼拉普托人在那里，逻辑上就可以推断出，恐龙的祖先也在那里。侏罗纪晚期也有可能是龙的残片。

  其他论据，如兽脚类和鸟类手指发育、肺形态或踝骨形态之间的假定差异，都是由于缺乏有关灭绝的兽脚类的相关数据、对解剖学的误解、对发育灵活性的简化假设和/或对收敛性、生物力学或选择性压力。兽脚类假说的反对者拒绝提出可证伪的另一种假说。这可能是因为没有其他适合鸟类祖先的候选者。”“齿科动物”通常是这样宣传的，但这是一个模糊的、过时的术语，指的是一大杂烩了解不清的、过敏的、不可诊断的爬行动物。这些反对兽脚类动物的人所提到的问题，对于“牙”的伪假设来说往往更为严重。

  最后，这些反对者也拒绝使用比较进化生物学家通常接受的方法和证据，如系统发育系统学和简约。他们更多地依赖于一种“直观的方法”，这根本不是一种方法，而是一种不稳定的格式塔印象，充满了关于进化必须如何工作的假设。